Pendant que les pharmaceutiques nous annoncent à tour de rôle la grande efficacité de leur vaccin, une actualité plus que troublante est passée presque inaperçue dans les médias. Il y a deux semaines, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) nous a rappelé que la résistance aux antimicrobiens faisait chaque année 700 000 morts sur la planète.

Boucar Diouf Boucar Diouf
Humoriste, conteur, docteur en biologie et animateur

Cette adaptation des microbes aux armes médicamenteuses qu’on utilise pour les attaquer représente désormais, selon le directeur de l’OMS, une des plus grandes menaces sanitaires de notre temps. Une autre crise latente qui pourrait, dans un avenir proche, éclipser la COVID-19 en termes de décès et de coûts économiques, avertit le directeur de la Fédération internationale de l’industrie du médicament (IFPMA).

Les antimicrobiens, ce sont les armes utilisées par l’humanité pour lutter contre les pathogènes qui minent notre santé, celle des animaux que nous élevons et des plantes que nous cultivons. On parle donc ici des antibiotiques, mais aussi des antiviraux, des antifongiques et des antiparasitaires. Dans la course aux armements qui les opposent à nous, confrontés massivement à ces médicaments assassins, les microbes innovent. Ainsi, les molécules utilisées pour traiter le VIH/sida, le paludisme et beaucoup d’autres maladies tropicales moins médiatisées butent de plus en plus sur des boucliers de résistance fabriqués par les microbes. Que voulez-vous ? Pour celui qui croit au génie de Darwin, s’adapter ou périr est une loi fondamentale du vivant.

Au cœur de cette nouvelle menace planétaire, il y a évidemment la résistance bactérienne aux antibiotiques sur laquelle je voudrais m'étendre plus longuement.

Lorsqu'Alexander Fleming a reçu son prix Nobel en 1945 pour sa découverte du premier antibiotique qu’est la pénicilline, dans son discours de remerciement, il disait déjà ceci : « Une personne qui joue de façon irresponsable avec la pénicilline sera moralement responsable de la mort de l’autre qui, un jour, succombera à une infection causée par une bactérie résistante. J’espère que ce fléau pourra être évité… » Il a fallu une vingtaine d’années d’utilisation de cette molécule avant de voir arriver les premières bactéries résistantes à la pénicilline. Depuis, l’abus des antibiotiques, leur diversification et leur utilisation massive dans l’élevage ont dopé les capacités de résistance des bactéries. Si bien qu’aujourd’hui, après seulement quelques semaines d’utilisation d’une nouvelle molécule, les bactéries résistantes commencent déjà à se pointer le nez.

PHOTO BRIAN L. FRANK, ARCHIVES THE NEW YORK TIMES

Le Dr Lee Riley, de l'Université de Californie, étudie les infections urinaires, de plus en plus résistantes aux antibiotiques.

Évidemment, l’humanité a tardé à voir le problème arriver, car on a longtemps sous-estimé la force de riposte microbienne. Pourtant, dans ce combat, les bactéries ont une certaine supériorité naturelle sur nous. Pour cause, elles sont génétiquement bien plus outillées pour s’adapter rapidement aux défis environnementaux. Quand l’humain vient au monde avec une maladie génétique, il n’y a généralement rien à faire. Cette information inscrite dans ses chromosomes est irréversible, car chez notre espèce, la transmission des gènes est simplement verticale.

Autrement dit, à l’exception des rarissimes cas de thérapie génique, on ne peut disposer de plus de cartes dans notre jeu de chromosomes que celles héritées de papa et maman. Par contre, chez les bactéries, c’est une autre histoire, car la transmission des gènes est à la fois verticale et horizontale. Les individus peuvent augmenter la diversité génétique héritée de leur procréateur en recevant, par exemple, des gènes via les virus qui les infectent. C’est ainsi que le Vibrio cholerae, la bactérie responsable du choléra qui vivait tranquillement dans de petits crustacés planctoniques appelés des copépodes, a hérité partiellement de la virulence qui lui permet de tuer un humain en quelques jours.

Mais les bactéries ont une autre façon plus efficace d’acquérir et de s’échanger des gènes. Elles peuvent, dans des séquences qui ressemblent à des rendez-vous galants, s’approcher d’une partenaire, construire un pont avec cette voisine et échanger avec elle de petites particules d’ADN appelées des plasmides.

Cet ADN circulaire contient souvent des gènes de résistance à toutes sortes de choses, dont les antibiotiques que se troquent ces microbes pour augmenter la diversité génétique de leur population. C’est ce grand marché ouvert de partage de compétences qui est à la base de la résilience et de la résistance bactérienne face aux armes provenant de nos laboratoires de recherche.

En plus, ces nouvelles possibilités acquises peuvent se répandre rapidement à la faveur de la sélection naturelle. En effet, en seulement 25 minutes, une bactérie peut se dédoubler et engendrer une descendance. Ce temps de génération très court leur permet d’avoir une vitesse d’adaptation bien plus rapide que l’humain, qui a besoin de 25 ans par génération.

L’usage abusif des antibiotiques, la surutilisation des produits antimicrobiens dans nos placards et la stérilisation à outrance de tout ce que nous mangeons ont non seulement dopé la résistance des microbes, mais aussi affaibli les systèmes immunitaires d’une partie de la planète. Il existe dans le milieu scientifique une hypothèse dite hygiéniste qui relie cette propreté extrême à une augmentation de la prévalence des maladies allergiques, auto-immunes et inflammatoires. Que voulez-vous ? Des soldats qui ont passé leur vie à jouer aux cartes dans les casernes ne sont jamais les plus efficaces quand la guerre éclate. Il faut donc permettre raisonnablement aux enfants d’entrer en contact avec les microbes de la Terre, des végétaux et des animaux domestiques. Ainsi disait déjà, en 1989, le médecin et épidémiologiste britannique David Strachan à qui on doit cette hypothèse désormais largement partagée.

Le drapeau rouge est donc hissé très haut par l’OMS, qui identifie désormais la résistance aux antimicrobiens comme un grand danger qui risque de réduire à néant un siècle de progrès médical.

Si la tendance se maintient, ajoute la Fédération internationale de l’industrie du médicament, cette résistance aux antimicrobiens pourrait provoquer jusqu’à 10 millions de morts en 2050. Pour s’en convaincre, il suffit simplement d’imaginer un monde rempli de ces superbactéries multirésistantes aux antibiotiques. Dans ce monde-là, les opérations, les accouchements, les soins aux patients atteints de cancer, les poses d’endoprothèses et bien d’autres actes médicaux nécessitant la moindre ouverture du corps deviendront des roulettes russes, comme c’était le cas avant la découverte de la pénicilline.

Pour contrer cette menace devenue bien réelle, pendant que certains scientifiques regardent du côté des microbes marins pour découvrir de nouvelles molécules antibiotiques, d’autres se tournent vers les virus tueurs de bactéries appelés les bactériophages pour explorer des méthodes de lutte alternatives. Cette médecine, appelée la phagothérapie, commençait juste à prendre son envol en Occident dans les années 20 quand la découverte de la pénicilline lui a coupé les ailes. Maintenant que les bactéries résistent massivement aux antibiotiques, certains chercheurs se tournent vers les pays de l’Est, principalement la Russie et la Géorgie, où cette science a survécu à la mode des antibiotiques.

Espérons que le traumatisme que nous vivons va nous réveiller sur cet autre gros problème latent, car on s’approche petit à petit du point de catastrophe.