Omar Minaya est de retour au sein des Mets de New York, avec qui il sera le conseiller spécial de Sandy Alderson, qui l'a remplacé comme directeur général après la saison 2010.
Chez les Mets, Minaya a été l'adjoint senior du directeur général de septembre 1997 à février 2002. C'est alors qu'il s'est joint aux Expos de Montréal, devenant le premier directeur général d'origine latine dans le baseball majeur.
Il est retourné à New York après la saison 2004, aidant à assembler la formation des Mets qui allait se rendre en série de championnat de la Nationale, en 2006.
Les Mets l'ont congédié en octobre 2010, après quoi il a été le vice-président senior des Padres de San Diego, de décembre 2011 à janvier 2015. Depuis, il a travaillé comme conseiller du numéro 1 de l'Association des joueurs, Tony Clark.
Maintenant âgé de 59 ans, Minaya a fait ses débuts en dehors du terrain comme recruteur pour les Rangers du Texas, de 1985 à 1987.