Des documents modifiés ou disparus, de l'intimidation et de la dissimulation : les députés ont entendu mercredi deux nouveaux témoignages-chocs sur la culture interne du ministère des Transports du Québec (MTQ).

Trois semaines après les allégations d'irrégularités au MTQ de la part de son ancien titulaire, l'ancien ministre libéral Robert Poëti, l'ex-vérificatrice interne Louise Boily a déclaré qu'elle a subi des pressions à de multiples reprises.

Aux membres de la Commission de l'administration publique (CAP), Mme Boily a affirmé avoir notamment été victime d'intimidation, en avril 2014, pendant les travaux de la commission Charbonneau.

Mme Boily a soutenu qu'elle a été interrogée par une sous-ministre adjointe, Danielle Cantin et la directrice à la Direction des enquêtes et de la surveillance des marchés au MTQ, Nathalie Noël.

Les deux femmes cherchaient à connaître l'origine de documents de vérification interne du MTQ dont il avait été question devant la Commission sur l'octroi et la gestion des contrats publics dans l'industrie de la construction.

« J'étais complètement terrorisée, a-t-elle dit aux députés. Finalement, je n'ai pas dormi de la nuit, je ne vous le cacherai pas. »

Mme Boily a affirmé qu'elle a constaté également des cas d'intimidation dans quatre directions territoriales du MTQ envers des vérificateurs internes.

L'analyste externe Annie Trudel, qui avait été choisie par M. Poëti pour vérifier les pratiques du MTQ, a également déclaré mercredi aux députés que son travail n'était pas apprécié.

Selon Mme Trudel, qui a démissionné de son poste récemment, Mme Cantin et Mme Noël devaient tailler en pièces les conclusions d'un rapport qu'elle avait présenté en novembre 2015, afin de nuire au renouvellement de son contrat.

« Il y avait une équipe en place pour démolir mon rapport », a-t-elle dit.

Par méfiance envers les ressources informatiques, Mme Trudel travaillait avec une clef USB, actuellement entre les mains de l'Unité permanente anticorruption (UPAC).

L'analyste a d'ailleurs affirmé que plusieurs des documents qu'elle contient, qui ont été remis aux membres de la Commission de l'administration publique ont été modifiés ou ajoutés, et que des courriels ont disparu.

« Toutes les preuves selon lesquelles il y avait de l'obstruction à l'égard de mon travail étaient dans ces courriels », a-t-elle soutenu.

Mme Boily a déclaré que la culture s'est dégradée au MTQ après l'arrivée de Dominique Savoie au poste de sous-ministre, en 2011.

« On a vu un changement d'attitude », a-t-elle souligné.

Ses rapports restaient lettre morte, et Mme Noël lui a notamment suggéré qu'il valait mieux de ne pas « faire trop d'enquêtes ».

« Je ne me sentais pas appuyée par la sous-ministre », a dit Mme Boily.

Mme Savoie a quitté ses fonctions le mois dernier après avoir réfuté les allégations de M. Poëti, qui ont plongé le gouvernement dans l'embarras.

Mme Boily a également soutenu avoir reçu l'ordre de fermer les yeux sur certains plans du MTQ qu'elle jugeait « plus ou moins plausibles » pour lutter contre la corruption et la collusion, en juillet 2015.

« J'ai refusé, a-t-elle mentionné. J'ai dit : "Je ne vais pas fermer les yeux si ce n'est pas correct". »

Mme Boily a expliqué qu'elle désobéissait aux demandes de Mme Savoie qui souhaitait aussi étouffer des problèmes.

« Je ne répondais pas à la consigne de ne pas rapporter les problèmes, a-t-elle indiqué. Elle m'a dit : "Je ne veux pas que tu me rapportes les problèmes, je veux que tu les règles". Je pouvais régler des problèmes à mon niveau, mais je n'ai pas les pouvoirs d'une sous-ministre. »

Mme Boily a affirmé aux députés que des rapports de vérification qui ont été déposés à l'Assemblée nationale et à la CAP, dont elle serait l'auteure, ont été modifiés.

Une note ministérielle expliquant des incongruités dans les documents présentés aux parlementaires est un « faux », a martelé Mme Boily.

Mme Boily et Mme Trudel, ont demandé à être assermentées, mercredi, ce qui leur offre l'immunité.

Les deux femmes ont affirmé qu'elles ont constaté des cas de fractionnement de contrats permettant de contourner les règles d'appels d'offres.

Mme Boily a expliqué qu'elle avait notamment avisé Mme Savoie de ces pratiques, malgré les déclarations contraires de la haute fonctionnaire il y a trois semaines.

Le député de la Coalition avenir Québec, Éric Caire, a affirmé que Mme Savoie, qui est toujours dans la fonction publique, doit être congédiée.

« Je ne vois pas comment cette personne pourrait continuer à travailler dans la fonction publique après ce qu'on vient d'entendre », a-t-il dit en point de presse.

La députée péquiste Martine Ouellet a estimé pour sa part que les allégations de falsification de documents déposés aux parlementaires sont graves.

« On a été trompé, très clairement, a-t-elle déploré. Les rapports qui ont été déposés ont été falsifiés, c'était connu, les vraies versions ils les avaient entre les mains et on ne les a jamais vues. »