Identification des variants L’Ontario se dote d’une stratégie plus rapide et moins coûteuse

Afin de mieux identifier les variants les plus contagieux, l’Ontario s’est doté d’un nouveau procédé, le criblage, qui permet de déterminer si les cas positifs sont dus à l’un des trois variants préoccupants. Le Québec envisage également de l’implanter.

L’Ontario est la province canadienne qui a recensé le plus grand nombre de contaminations aux nouveaux variants, avec 69 cas du variant britannique et 1 cas du variant sud-africain. Le séquençage est la méthode la plus efficace pour identifier ces nouveaux variants. C’est toutefois un procédé long et coûteux qui ne peut s’effectuer que sur une fraction des cas positifs.

En plus d’effectuer le séquençage, la province utilisera donc un nouveau procédé, le criblage, sur 100 % des cas positifs. Pour ce faire, le service de santé publique d’Ontario utilisera un test PCR qui amplifie uniquement les mutations des trois variants préoccupants.

« C’est quelque chose d’intéressant et on pense également l’implanter au Laboratoire de santé publique du Québec », explique Sandrine Moreira, responsable de la coordination génomique et de la bio-informatique au Laboratoire de santé publique du Québec.

Un procédé rapide et peu coûteux

Comment le test fonctionne-t-il ? « Le hasard veut que les trois variants, sud-africain, brésilien et anglais, aient développé une modification commune du matériel génétique du virus. L’Ontario a développé un test qui cible précisément cette mutation, ce qui permet d’attraper les trois variants », explique M^me Moreira.

Si le test est positif, les autorités sanitaires effectueront un séquençage complet pour déterminer précisément de quel variant il s’agit, ajoute Santiago Perez Patrigeon, professeur à la faculté de médecine au département des maladies infectieuses à l’Université Queen’s en Ontario.

Cela permet de ne pas avoir à séquencer tous les échantillons, une méthode longue et coûteuse, renchérit Andrew McArthur, professeur au département de biochimie et sciences biomédicales de l’Université McMaster en Ontario.

La Santé publique de l’Ontario souhaite cribler 100 % des tests positifs cette semaine et en séquencer un minimum de 10 % d’ici la semaine du 15 février.

À l’heure actuelle, le Québec séquence 3 % des échantillons de tests positifs, a indiqué mardi l’Institut national de santé publique du Québec. La province souhaite augmenter le séquençage à 10 % d’ici le mois de mars et n’est pas fermée à l’idée d’utiliser le criblage. « C’est dans nos projets », dit M^me Moreira. Jusqu’à présent, huit cas du variant britannique ont été détectés et aucun ne semble lié à une propagation communautaire.

L’Alberta resserre ses mesures

Face à la menace des variants au pays, l’Alberta, qui compte 51 cas d’infection aux nouveaux variants, a choisi d’augmenter la période de quarantaine obligatoire à 24 jours, plutôt que 14, pour les personnes qui vivent avec une personne qui a été déclarée positive pour un variant de la COVID-19. Cette nouvelle règle de quarantaine est désormais la plus stricte du Canada. Pour les personnes dont le test est positif, la période de quarantaine obligatoire demeure de 10 jours.

L’Alberta a doublé sa capacité de séquençage ces deux dernières semaines. La province examine maintenant environ 300 échantillons positifs par jour, soit près de cinq fois plus d’échantillons par habitant que l’Ontario.

Jusqu’à présent, 18 cas d’infection aux nouveaux variants ont été détectés en Colombie-Britannique, soit 14 du variant du Royaume-Uni et 4 de celui d’Afrique du Sud. Le Nouveau-Brunswick a confirmé mardi trois cas du variant britannique, tandis que la Nouvelle-Écosse a identifié un cas pour chacun des deux variants. La Saskatchewan, le Manitoba et l’Île-du-Prince-Édouard sont les seules provinces canadiennes à ne pas avoir détecté les nouveaux variants sur leur territoire. Les autorités sanitaires surveillent de près leur arrivée.