En vertu du traité de sécurité américano-japonais de 1951, quelque 47.000 soldats américains sont stationnés au Japon, dont plus de la moitié dans l'archipel d'Okinawa (sud) où leur présence est souvent considérée comme une source d'insécurité et de nuisances.

Le nouveau gouvernement de centre-gauche de Yukio Hatoyama s'est engagé à revoir le statut des forces américaines et leur redéploiement au Japon.

Selon leur site officiel, les forces américaines au Japon utilisent 86 installations, de 100 m2 à plusieurs dizaines d'hectares, principalement autour de Tokyo et sur l'île d'Okinawa qui représente «la principale base logistique américaine dans le Pacifique ouest».

L'armée américaine occupe 10% de cette île du Pacifique («annexée» par les États-Unis de 1945 à 1972) et y stationne 22.000 soldats.

La contestation de la présence américaine avait atteint son apogée à Okinawa en 1995 après le viol d'une Japonaise de 12 ans par trois Marines. La tension a été ravivée début novembre par la mort d'un habitant d'Okinawa apparemment percuté par une voiture conduite par un Marine qui se serait enfui, le laissant agoniser sur le bord de la route.

En contrepartie de l'effort consenti pour la défense de la Nation, le gouvernement américain verse de généreuses subventions à Okinawa, dont l'unique source de revenus est le tourisme. Les opposants à la présence américaine estiment que de nouvelles activités pourraient être développées si les terrains militaires étaient restitués.

En mai 2006, Tokyo et Washington ont adopté une «feuille de route» sur un redéploiement global des militaires américains basés au Japon, en particulier sur le transfert de quelque 8.000 Marines et de leurs familles d'Okinawa vers le territoire américain de Guam dans le Pacifique, financé à hauteur de plusieurs milliards de dollars par Tokyo.

Le gouvernement du premier ministre Hatoyama souhaite renégocier cet accord conclu par l'ancienne majorité conservatrice. Il s'oppose en particulier à la reconstruction de la base aérienne de Futenma, actuellement au coeur d'une zone urbaine d'Okinawa, sur une baie protégée du nord de l'île, et propose de la transférer dans une autre partie du Japon, voire même à l'étranger.

Les autres grandes concentrations militaires américaines sont situées dans la région de Tokyo (Yokosuka, Atsugi, Yokota) et à Iwakuni, dans l'ouest de l'île principale du Honshu, à une quarantaine de km d'Hiroshima.