Après le massacre qui a coûté la vie à 49 personnes, le FBI avait annoncé que Mateen avait prêté allégeance au chef de l'organisation État islamique, Abu Bakr al-Baghdad, au cours d'une de ses conversations. Le nom de l'EI et de son chef ont cependant été censurés dans les transcriptions rendues publiques, tout comme celui de Mateen.
Des responsables du ministère de la Justice ont indiqué que la publication de ces passages aurait pu donner une tribune aux idéologies terroristes qui ont semblé inspirer Mateen et forcer les survivants de l'attentat à entendre ses diatribes à nouveau.
Le président de la Chambre des représentants Paul Ryan a cependant critiqué cette censure. «Nous savons que le tireur était un islamiste extrémiste radical inspiré par l'EI. Nous savons également qu'il a ciblé intentionnellement la communauté LGBT», a déclaré le républicain dans un communiqué.
En fait, Mateen n'a fait aucune mention de la communauté LGBT et de sa haine présumée de cette communauté lors de ses conversations avec la police, selon les transcriptions publiées par le FBI. On trouve ici ces transcriptions de conversations qui se sont toutes déroulées après le début du massacre.