Séquençage du plus ancien génome humain d'Afrique

L'entrée de la caverne de Mota, dans les... (Photo Kathryn and John Arthur, Reuters)

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L'entrée de la caverne de Mota, dans les montagnes d'Éthiopie.

Photo Kathryn and John Arthur, Reuters

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Jean-Louis SANTINI
Agence France-Presse
Washington

Des chercheurs ont séquencé le plus ancien génome humain d'Afrique, datant de 4500 ans, selon des travaux publiés jeudi qui donnent un nouvel éclairage sur une mystérieuse vague migratoire massive d'Eurasie vers la Corne de l'Afrique survenue il y a 3000 ans.

C'est la première fois qu'un génome ancien provenant du continent africain, berceau de l'humanité et source de toute la diversité génétique humaine, a été récupéré et séquencé, précisent les scientifiques dont l'étude paraît dans la revue américaine Science.

Ce séquençage a également permis de révéler qu'un mouvement migratoire survenu il y a trois millénaires, depuis l'Eurasie occidentale vers l'Afrique, était en fait beaucoup plus important et soudain qu'estimé précédemment puisqu'il a affecté le patrimoine génétique de populations sur l'ensemble de l'Afrique.

Le génome a été récupéré dans le crâne d'un homme enterré face contre terre dans la caverne de Mota, dans les montagnes d'Éthiopie, qui est restée suffisamment froide et sèche pour préserver son ADN pendant plus de 4000 ans.

Avant cela, les séquençages de génomes humains anciens, qui sont rares, se limitaient à des échantillons retrouvés dans le nord de l'Europe et les régions arctiques.

Cette mystérieuse vague de migration d'Eurasie vers l'Afrique, appelée « le reflux eurasien », a surtout eu son origine au Proche-Orient et en Asie Mineure.

Afrique, « melting-pot » millénaire

L'ancien génome découvert, antérieur à cet événement, a permis aux chercheurs de faire des comparaisons génétiques sur plusieurs milliers d'années et de déterminer que ces Eurasiens étaient étroitement liés aux premiers agriculteurs du Néolithique, qui ont apporté l'agriculture en Europe 4000 ans avant.

Ainsi l'ADN des Africains modernes de l'est de l'Afrique contient jusqu'à 25 % de gènes d'ancêtres eurasiens venus avec cette migration. Ailleurs en Afrique, de l'ouest au sud, les populations actuelles ont également hérité de ces gènes, présents dans au moins 5 % de leur ADN.

Vu l'importance de l'héritage génétique, les chercheurs estiment que les migrants d'Eurasie d'il y a 3000 ans représentaient en nombre plus du quart de la population autochtone. Ils se sont ensuite dispersés génétiquement sur tout le continent africain.

« Cet ancien génome nous ouvre une fenêtre sur un lointain passé car une seule personne peut donner une image génétique d'une population entière », relève Andrea Manica, une chercheuse de l'université de Cambridge au Royaume-Uni, principal auteure de cette étude.

« Cette vague migratoire d'Eurasiens occidentaux vers la Corne de l'Afrique a pu représenter jusqu'à 30 % de la population indigène, ce qui est pour moi époustouflant », estime-t-elle, ajoutant : « la question est de savoir pourquoi cette migration a été aussi soudaine ».

La raison demeure un mystère, sans lien apparent avec une cause climatique particulière. Les indices archéologiques montrent toutefois que cette migration coïncide avec l'arrivée des cultures agricoles du Proche-Orient comme le blé et l'orge, laissant penser que les migrants ont aidé à développer de nouvelles formes d'agriculture dans la région, indiquent les chercheurs.

« L'Afrique est un melting-pot car nous savons qu'au cours des 3000 dernières années, il y a eu un bouleversement génétique de la population », commente Gallego Llorente également de l'Université de Cambridge, et l'un des principaux coauteurs de l'étude. « Disposer d'un génome datant d'avant de ces migrations représente un grand pas » dans ce domaine de recherche, juge-t-il.

Les chercheurs ont aussi identifié des adaptations génétiques à la vie en altitude et l'absence de gènes pour la tolérance au lactose. Des traits génétiques partagés par les habitants actuels des hauts plateaux éthiopiens, descendants directs de l'homme de Mota.

«Cet ancien génome nous ouvre une fenêtre sur un lointain passé car une seule personne peut donner une image génétique d'une population entière.»

Andrea Manica
chercheuse de l'université de Cambridge, principal auteure de cette étude
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