Avec l'appui de leurs alliés occidentaux, l'Indonésie et les Philippines ont porté des coups sévères aux terroristes islamistes depuis l'attentat de Bali en 2002, mais les cellules continuent de recruter et la menace demeure, estiment les spécialistes.
«Le terrorisme ne s'éteint pas automatiquement avec la capture ou la mort de ses dirigeants», avertit le chef de l'Agence antiterroriste nationale indonésienne, Ansyaad Mbai, dans un entretien à l'AFP. «Le fait est que ces groupes sont en train de se renforcer».
L'activisme djihadiste en Asie du Sud-Est précède les attentats du 11 septembre 2001: un an plus tôt, des groupes constitués sur le modèle de la Jemaah Islamiyah, organisation fondée au début des années 1990 par des Indonésiens exilés en Malaisie, font sauter des églises et la Bourse de Jakarta.
Mais les attaques concertées d'Al-Qaïda à New York et Washington suivies de l'invasion de l'Afghanistan par les troupes américaines les convainquent de rejoindre la nébuleuse d'Oussama ben Laden et de frapper directement les étrangers.
Le 12 octobre 2002, trois explosions soufflent plusieurs bars et restaurants à Bali, haut-lieu touristique de l'archipel indonésien, tuant 202 personnes, dont 88 Australiens.
Les États-Unis et l'Australie dépêchent leurs experts afin d'aider le jeune gouvernement de Jakarta, élu démocratiquement en 1998 après 30 ans de dictature Suharto, à traquer les terroristes.
Depuis, la plupart des auteurs de l'attentat de Bali ainsi que des membres d'autres cellules plus ou moins actives ont été éliminés ou capturés. Le cerveau présumé de l'attentat, Hambali, haut-dirigeant de la Jemaah Islamiyah, a été arrêté en août 2003 en Thaïlande alors qu'il préparait des attentats contre des avions de ligne américains. Il a depuis été transféré à Guantanamo.
Après une nouvelle attaque visant des occidentaux à Bali --le 1er octobre 2005, un attentat-suicide fait 20 morts--, l'artificier malaisien de l'organisation, Azahari Husin, est tué à son tour sur l'île de Java.
La Jemaah Islamiyah est alors fragilisée, soulignent les experts. Des divisions, propices aux dissidences, surgissent en son sein entre les partisans d'attentats aveugles sur le mode d'Al-Qaïda et ceux qui estiment que ces actions font trop de victimes parmi les musulmans.
Un Malaisien membre de la Jemaah Islamiyah, Noordin Mohammed Top, crée «Al-Qaeda dans l'archipel malais». Son groupe serait notamment responsable des attaques-suicides lancées le 17 juillet 2009 contre les hôtels Marriott et Ritz Carlton de Jakarta qui avaient fait sept morts, dernier attentat d'envergure sur le sol indonésien à ce jour.
Selon Ansyaad Mbai, les petites cellules de ce genre font désormais florès.
«Ces petits groupes autonomes ne dépendent pas d'un chef, ils sont uniquement liés par l'idéologie (...). Ils sont très mobiles, peuvent déterminer leurs propres cibles et passer à l'action quand bon leur semble», explique-t-il.
Ces mêmes groupes ont toutefois dû revoir leurs ambitions à la baisse en ciblant des policiers et des fonctionnaires locaux dans des attaques à plus petite échelle, souligne Noor Huda Ismail, chercheur à l'Institut international pour la paix (Institute for International Peacebuilding).
«Mais ce n'est que provisoire. Ils attendent le bon moment pour s'en prendre à nouveau aux étrangers», affirme-t-il.
Aux Philippines, où les militants séparatistes d'Abu Sayyaf ont encore tué sept soldats sur l'île de Jolo en juillet, la lutte contre le terrorisme fait là aussi toujours rage.
«Nous n'avons toujours pas gagné contre Abu Sayyaf et le terrorisme (...). Ils ont toujours des cellules actives et des alliances avec d'autres groupes, comme la Jemaah Islamiyah», souligne Rodolfo Mendoza, spécialiste des questions de sécurité.