On ne pourra pas dire que l'administration Bush a acquiescé à toutes les actions et demandes d'Israël. Dans un article publié aujourd'hui à la une, le New York Times fait état du refus du président Bush à une requête formulée au début de 2008 par le gouvernement du premier ministre Ehoud Olmert pour acquérir des bombes capables de percer le blindage des bunkers souterrains des installations nucléaires de Natanz en Iran. Le chef de la Maison-Blanche a également refusé de donner à l'aviation israélienne la permission de survoler le territoire irakien.
Le président Bush a cependant promis au gouvernement d'Olmert d'intensifier les opérations clandestines américaines visant à compromettre le programme d'enrichissement d'uranium iranien, selon le Times. Les requêtes israéliennes faisaient suite à la publication d'un rapport émanant des services de renseignement américains selon lequel Téhéran avait arrêté son programme d'armes nucléaires en 2003.
Le gouvernement israélien avait refusé de croire aux conclusions de ce rapport, tout comme l'équipe de sécurité nationale de l'administration Bush. La publication du document avait néamoins mis un terme à l'escalade verbale du président et du vice-président américains, qui menaçaient la république islamique d'une troisième guerre mondiale si elle ne mettait pas fin à son programme nucléaire.