Le taux de faux négatifs généré par le test diagnostique de la COVID-19 suscite des questions un peu partout sur le globe, notamment de la part des autorités de la Colombie-Britannique. Mais l’Institut national de santé publique du Québec juge celui-ci assez fiable pour appuyer un futur déconfinement dans la province.

Philippe Mercure Philippe Mercure
La Presse

Dans un document publié cette semaine, l’Organisation mondiale de la santé affirme que la capacité de tester tous les cas suspects de COVID-19 et de vérifier que les patients guéris ne sont plus porteurs du virus sont des conditions essentielles à remplir avant de songer à alléger les mesures de confinement.

Au-delà de la capacité de tester, qui est encore en progression au Québec, la qualité des tests utilisés est-elle assez robuste pour soutenir un tel allègement des mesures ?

« Je crois que oui, répond Judith Fafard, médecin biologiste-infectiologue et médecin-conseil à l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ). On a confiance en notre test au Québec. »

La Dre Fafard précise que tout le monde est conscient que le test n’est pas parfait et que ceux qui l’utilisent « se gardent toujours une petite réserve, une petite suspicion ». Mais elle précise que les professionnels de la santé sont habitués à interpréter des tests dont la sensibilité n’est pas parfaite.

Des doutes soulevés

En Colombie-Britannique, la médecin hygiéniste en chef Bonnie Henry, l’homologue du Dr Horacio Arruda au Québec, a remis publiquement en question la pertinence de faire des tests à grande échelle en raison du fort taux de faux négatifs qu’ils génèrent.

« Les tests ne sont malheureusement pas complètement fiables. Les gens peuvent avoir un résultat négatif une minute, et un résultat positif, une heure plus tard », a dit la Dre Henry dans des propos rapportés par Santé Canada.

La Dre Henry a évoqué un taux de faux négatifs de 30 %, ce qui voudrait dire que trois patients sur dix qui se font dire qu’ils ne sont pas infectés sont, dans les faits, atteints de la COVID-19.

Aux États-Unis, des médecins ont aussi remis en question la fiabilité du test diagnostique.

> Lisez un article à ce sujet (en anglais)

Un taux de faux négatifs inconnu

Le chiffre de 30 % de faux négatifs provient d’une étude réalisée en Chine sur 51 patients, chez qui on a comparé les résultats du test diagnostique avec un examen par tomodensitométrie des poumons. La grande majorité des patients avait toutefois subi un prélèvement dans la gorge plutôt que dans les voies nasales, comme on le fait au Québec. Or, le prélèvement nasal est considéré comme plus efficace.

La Dre Judith Fafard note aussi qu’un grand nombre de facteurs influencent le nombre de faux négatifs et qu’ils peuvent différer entre la Chine et le Québec. Elle mentionne notamment les conditions de conservation et de transport des échantillons, ainsi que la façon dont l’extraction et l’amplification de l’ARN du virus sont effectuées pendant le test.

Il est très difficile, actuellement, d’estimer le taux de faux négatifs des tests de COVID-19. Il faudrait comparer avec une référence absolue, donc des cas dont on connaît déjà les résultats, et cela n’a pas été fait.

Kelly MacDonald, chef du département des maladies infectieuses à l’Université du Manitoba

La spécialiste explique que ce taux varie sans doute selon l’état de progression de la maladie chez le patient. Il semble clair, par exemple, que le test est moins bon pour diagnostiquer les gens qui n’ont pas de symptômes, parce que leur charge virale est plus faible. Selon Mme MacDonald, le principal problème du test est que les prélèvements sont souvent mal effectués, l’écouvillon servant à récolter l’échantillon n’étant pas inséré assez profondément dans le nez des patients.

À l’INSPQ, Judith Fafard affirme aussi qu’on ignore le véritable taux de faux négatifs du test. Y a-t-il des patients manifestement atteints, qui présentent des symptômes de la COVID-19 et qui ont côtoyé des gens infectés, qui échouent au test ? « Il y en a eu, oui, répond la Dre Fafard. Les travailleurs de la santé, par exemple, sont suivis de près. Ce qu’on recommande à nos cliniciens, c’est de répéter le test 48 ou 72 heures plus tard s’ils ont des doutes sérieux. »

« Un test, ça s’interprète. Il y a d’autres variables – les symptômes, les contacts – qui entrent en ligne de compte », renchérit Kelly MacDonald, de l’Université du Manitoba.

L’avantage est que le test diagnostique ne semble pas conduire à de faux positifs – des gens qui sont déclarés infectés alors qu’ils ne le sont pas en réalité.

« Un test positif, c’est fiable, résume Judith Fafard. Mais quand on a un test négatif, il ne faut pas relâcher la vigilance. »

Une meilleure valeur prédictive parmi la population

Pour l’instant, ce sont surtout les travailleurs de la santé et les gens qui ont des symptômes importants qui sont testés pour la COVID-19 au Québec. Mais si on en vient à élargir les critères d’inclusion, ce qu’on appelle la « valeur prédictive négative » du test risque de s’améliorer parce que la prévalence de la maladie sera plus faible dans les groupes testés.

Pour faire comprendre le principe, Judith Fafard prend l’exemple d’un test qui donne 10 % de faux négatifs et qu’on applique à deux groupes différents de 10 000 personnes. Le premier groupe, très touché par la COVID-19, compte 5000 malades et 5000 personnes saines. Le test identifiera correctement les personnes saines.

Mais parmi les 5000 malades, il en déclarera 500 non infectées alors, qu’en réalité, ils le sont. Le nombre de bons diagnostics négatifs est de 5000, sur un nombre total de résultats négatifs de 5500. La probabilité qu’un test négatif soit correct est donc d’environ 91 %.

Prenons maintenant un groupe de 10 000 personnes dans lequel seules 100 personnes sont infectées. Le test identifiera correctement les 9900 personnes saines. Parmi les 100 malades, il en identifiera faussement 10 comme non infectées. La proportion de bons diagnostics négatifs est donc de 9900 sur 9910, soit environ 99,9 %.