La capacité de détecter le coronavirus responsable de la COVID-19 dans les eaux usées se confirme. Des chercheurs québécois viennent de montrer que cette méthode confirme que le virus circule autant qu’au printemps, ce qui pourrait signifier qu’on avait à l’époque sous-estimé le nombre de cas..
Sous-estimation au printemps
Les données recueillies dans les intercepteurs nord et sud du réseau d’eaux usées de Montréal se recoupent et confirment une augmentation notable des cas entre novembre 2020 et janvier 2021. Il y avait aussi des données pour l’intercepteur nord au printemps, et elles montrent que le niveau de virus en janvier de cette année est aussi important qu’en avril dernier. Comme le nombre de cas diagnostiqués en janvier est beaucoup plus élevé actuellement, cela pourrait signifier que le nombre de cas était sous-estimé, à cause d’un nombre insuffisant de tests, en avril.
Boues et particules
Détecter dans les égouts le SARS-CoV-2, le coronavirus responsable de la COVID-19, n’est ; pas une mince affaire, parce qu’il n’est pas dilué uniformément dans l’eau. « Il se retrouve environ à 90 % dans les solides en suspension, il est vraiment associé à de plus grosses particules, explique Dominic Frigon, de l’Université McGill. « Ça cause une certaine problématique d’interprétation, on se demande comment ces plus grosses particules voyagent dans le système d’égouts. » M. Frigon a travaillé dès ce printemps avec l’équipe de Sarah Dorner de l’École Polytechnique, qui avait déjà un partenariat avec la Ville de Montréal pour détecter des virus dans l’eau des plages. « Nous, on travaillait sur la phase aqueuse des égouts, et Dominic sur la phase en suspension, et finalement on s’est rendu compte que la phase des solides en suspensions donnait de meilleures données », dit l’ingénieure civile. Le protocole final utilisera les deux phases, aqueuse (le liquide) et particulaire (les solides en suspension). Pourquoi ne pas mesurer le virus dans les boues de décantation, comme à Ottawa, qui a été la première ville canadienne a publier les taux de virus de SARS-CoV-2 dans les eaux usées, en octobre ? « Pour causer la précipitation des solides et former les boues, on utilise du fer, ce qui cause des problèmes avec l’analyse PCR qui détecte le virus », dit M. Frigon. La réaction polymérase en chaîne (PCR) est une technique de laboratoire qui amplifie les morceaux de gènes viraux présents dans les eaux usées, pour qu’ils soient détectables. La mesure du SARS-CoV-2 dans les égouts est en copies de gènes par millilitre.
Quartier par quartier
A terme, l’objectif est d’utiliser la même méthode partout au Québec, et en plus de faire des analyses par quartier. « Ça va demander des ajustements, parce que dans certains quartiers il y a plus d’industrie, donc moins de rejets humains dans le même volume d’eaux usées, dit Mme Dorner. Chaque quartier a aussi un profil différent de fonte des neiges et de ruissellement de la pluie, par exemple s’il y a un grand parc qui absorbe l’eau. »
Pluie et piments
Sarah Dorner et Dominic Frigon insistent : les données dévoilées actuellement sont préliminaires, parce qu’elles n’ont pas été corrigées pour tenir compte de facteurs comme la pluie. D’ici quelques mois, les données pourront être affinées pour exclure les distorsions causées par la pluie et d’autres facteurs, comme les industries. « On va prendre les précipitations et on va tenir compte du facteur de dilution dans les égouts, dit Mme Dorner. Une autre stratégie sera de mesurer un virus du piment très souvent présent dans les excréments humains, mais qui n’a aucun effet sur la santé. Si on voit des variations de la présence de ce virus du piment, c’est qu’on a des distorsions au niveau du débit d’eau, de la pluie par exemple. » Seulement avec ces vérifications pourra-t-on vraiment établir que le nombre de cas était sous-estimé au printemps.
Neige
L’hiver introduit une autre source de distorsion des données. « La neige, c’est une question super importante, dit M. Frigon. Avec les méthodes PCR on peut avoir des composés de métaux qui inhibent la réaction. Ça arrive plus souvent avec la neige, avec les fondants, le sel, et aussi les gaz d’échappement des voitures qui sont emprisonnés par la neige. Après, au printemps, on a la fonte des neiges, avec ce que ça amène au niveau du sel emprisonné dans les bancs de neige et le débit plus important dans les égouts. »
En 2019 ?
Des analyses faites sur les eaux usées en Italie ont permis de constater que le SARS-CoV-2 y circulait dès la fin de 2019. Serait-ce possible de faire les mêmes analyses ici ? « Je doute qu’on trouve grand-chose, dit Mme Dorner. Déjà, avant mars, on ne pouvait rien détecter dans les eaux usées ici, on était en-dessous du seuil de détection. Une partie des échantillons prélevés des cas positifs a été séquencée pour détecter les mutations du virus. Leurs résultats indiquent que la majorité des premiers cas sont arrivés via l’Europe. Donc, le virus circulait en Europe avant d’arriver ici. »