COVID-19 À la recherche du patient zéro

Était-ce le 1^er décembre ? Le 17 novembre ? Peut-être même avant ? Dans un marché de Wuhan ou ailleurs ? À cause d’une chauve-souris, d’un pangolin ou d’un animal de ferme ? La quête du « patient zéro », le tout premier humain atteint de la COVID-19, n’est toujours pas terminée, environ un an après le début de la pandémie. Or, le danger de la transmission d’un tel pathogène de l’animal à l’humain existe aussi plus près de nous.

Anne Gatignol se souvient très bien de ce début d’année 2020. Le 13 janvier, la professeure au département de microbiologie de l’Université McGill devait donner un cours sur les virus émergents. « Alors, comme je le fais chaque fois que je prépare le cours, je suis allée sur le site de l’Organisation mondiale de la santé [OMS] pour voir les dernières nouvelles. » Le 5 janvier, l’OMS annonçait l’éclosion en Chine de cas de pneumonie causés, allait-elle confirmer quatre jours plus tard, par un « nouveau coronavirus ». À la fin du premier cours, Anne Gatignol a donc avisé ses étudiants. « Surveillez ça. Ça risque d’être le prochain SRAS », le nom du « syndrome respiratoire aigu sévère » qui a sévi en 2003.

Au moment où Anne Gatignol mettait en garde ses étudiants, l’OMS faisait état de 41 cas confirmés en Chine. En fait, selon des données qui allaient être publiées en mars, au moins 381 personnes étaient infectées et hospitalisées en Chine en date du 1^er janvier. Onze mois plus tard, plus de 51 millions de personnes dans le monde ont attrapé ce fameux nouveau coronavirus.

Remonter la trace de la COVID-19 et du SARS-CoV-2, le virus responsable de la maladie, est une quête encore inachevée. Depuis le printemps, rien de neuf n’a été publié à ce sujet. Pourtant, dit Anne Gatignol, « c’est important de retrouver le patient zéro pour savoir comment lui a été contaminé. Il faut savoir quel animal l’a infecté, pour se prémunir pour l’avenir ».

« Le vrai patient zéro, il n’y a personne qui le connaît », dit Gaston De Serres, médecin-épidémiologiste à l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ).

Dans l’une des premières études sur la question, publiée dans The Lancet en janvier, des chercheurs chinois ont évalué les cas de 41 personnes déclarées positives au SARS-CoV-2 et hospitalisées à Wuhan avant le 2 janvier 2020. Les deux tiers de ce groupe avaient des liens avec le fameux marché Huanan – là où on suspectait que le virus avait été transmis de l’animal à l’humain et qui a été fermé le 1^er janvier.

Mais le tout premier patient de cette cohorte avait commencé à montrer des signes de la maladie le 1^er décembre 2019… et n’avait aucun lien avec le marché Huanan. « Je me souviens avoir pensé : il y a un problème. Comment le premier cas peut-il n’avoir aucun lien avec le marché qui est censé en être à l’origine ? », se rappelle Gaston De Serres. De fait, selon l’étude de The Lancet, le premier cas relié au marché a été identifié le 10 décembre, et a été suivi de nombreux autres à partir du 15 décembre.

Donc, le marché Huanan est-il à l’origine du virus ? Probablement pas, ont conclu les experts.

« Les séquences du virus SARS-CoV-2 qui ont été analysées jusqu’ici, semblent suggérer que le virus s’était adapté aux humains depuis un moment avant d’être découvert, ajoute Shan-Lu Liu. Par contre, depuis exactement combien de temps il circulait en Chine, ou ailleurs, ce n’est pas encore connu. »

Déjà en novembre ?

Si un premier patient a montré des symptômes le 1^er décembre, il y a donc fort à parier que le virus circulait avant cette date… En mars, des informations publiées par le journal de langue anglaise de Hong Kong South China Morning Post ont identifié une nouvelle date d’apparition du virus : le 17 novembre 2019.

« Selon des données du gouvernement [chinois] consultées par le Post, un patient âgé de 55 ans originaire de la province de Hubei pourrait être la première personne à avoir contracté la COVID-19 le 17 novembre », écrivait le journal dans son numéro du 13 mars. Neuf personnes infectées ont été identifiées en novembre 2019, mais le Post dit ne pas savoir si elles sont résidantes de la ville de Wuhan. Aucune de ces personnes n’a été qualifiée de « patient zéro », selon les données des autorités chinoises rapportées par le journal.

Une chose est sûre : à partir de ce 17 novembre 2019, le nombre de cas rapportés a crû de façon exponentielle. Ce n’est que le 27 décembre qu’un médecin d’un hôpital de Hubei a avisé les autorités chinoises qu’un nouveau coronavirus causait une pneumonie dans son secteur.

Quatre jours plus tard, le 31 décembre, l’Agence France-Presse publiait un premier article dans lequel elle rapportait des craintes d’internautes chinois en raison d’une « pneumonie virale d’origine inconnue signalée à Wuhan » par les autorités sanitaires de la ville. « Les premiers tests en laboratoire ont montré qu’il n’y avait pas « d’apparence de transmission d’humain à humain » et qu’aucun membre du personnel médical n’avait été infecté, selon la déclaration [des autorités de Wuhan] ».

Pas nécessairement le pangolin

Au début de la pandémie, beaucoup d’attention a été dirigée sur le pangolin, petit mammifère à écailles dont des spécimens se trouvaient au marché Huanan et qui aurait pu servir d’intermédiaire entre la chauve-souris, porteuse de plusieurs coronavirus, et l’humain.

Aujourd’hui, les scientifiques sont loin d’être convaincus qu’un pangolin sauvage du marché Huanan ait pu être le seul responsable de la mutation du virus de la chauve-souris dans une forme capable d’infecter un être humain. Cette infection d’un animal intermédiaire par une chauve-souris « a pu arriver il y a plusieurs années », rappelle Richard Kock, professeur au Royal Veterinary College de Londres. Et la transmission à un humain a pu se produire « voilà un an ou deux », puisque de nombreux porteurs sont asymptomatiques.

Et cet animal intermédiaire est peut-être plus près de l’humain qu’on l’a pensé au départ.

Une étude publiée dans la revue Science le 10 novembre a confirmé que la transmission du virus SARS-CoV-2 allait dans les deux sens entre les humains et les visons qui se côtoient sur les fermes d’élevage de ces animaux à fourrure aux Pays-Bas. « On a vu ces situations émerger aux Pays-Bas, au Danemark, en Suède, et je serais très surpris que ça n’existe pas en Chine, où on retrouve des marchés d’animaux à fourrure qui sont probablement des sources », dit Richard Kock.

Il faut donc, dit le spécialiste, réduire les risques d’avoir des fermes d’élevage intensif qui pourraient constituer des réservoirs d’infection pour les souches de la COVID-19. Ce qui implique de revoir cette proximité des humains avec les animaux, tant les animaux d’élevage que les animaux domestiques, qui eux-mêmes consomment de la nourriture faite à partir d’autres animaux d’élevage.

« La seule façon d’y arriver est de manger moins de viande, dit Richard Kock. C’est ce que je dis à mes étudiants : si on réduit la consommation de viande de 75 %, on pourrait en plus régler le réchauffement climatique, la perte de biodiversité, et on serait en meilleure santé. » Une opinion peu populaire, convient-il. « Mais il faut réduire le risque de telles infections. Parce que le prix à payer est trop élevé pour l’humanité. Et aucune industrie ne peut le justifier. »