Si les forêts sont les poumons de la planète, on peut dire que les milieux humides en sont les reins. Ils filtrent l'eau et la rendent purifiée aux rivières et aux sources souterraines - les nappes phréatiques.
Dans le sud du Québec, on retrouve trois types de milieux humides: les marais, qui contiennent des plantes aquatiques et des arbustes, les marécages, qui contiennent des arbres, et les tourbières, qui se distinguent par leur flore adaptée à un milieu plus acide.Ils ont d'abord résisté naturellement au développement. On a commencé par exploiter les terres naturellement bien drainées, tant pour l'agriculture que pour les villes. Mais les travaux de drainage se sont intensifiés depuis 50 ans.
Le MDDEP estime que «leur dégradation et leur perte atteignent désormais un seuil critique dans certaines régions du Québec. Ainsi, les basses terres du Saint-Laurent auraient perdu plus de 45% de leurs milieux humides et 65% des milieux restants seraient plus ou moins gravement perturbés par les activités humaines telles que l'étalement urbain et la mise en valeur agricole».
Les milieux humides de la vallée du Saint-Laurent ont donc été drainés, perturbés ou «décapés», dans le cas de tourbières. À l'époque de la machine à vapeur, la tourbe était même utilisée comme carburant dans les locomotives.
Aujourd'hui, les milieux humides sont devenus l'enjeu principal pour la biodiversité dans la région métropolitaine. «La biodiversité intéressante dans le sud du Québec, elle est principalement dans les milieux humides», dit André Bouchard, professeur titulaire d'écologie à l'Université de Montréal et ancien directeur du Jardin botanique.
Un indice de la raréfaction des milieux humides: l'ajout cette année de la rainette faux-grillon, une espèce de grenouille, sur la liste des espèces menacées. Cette grenouille était autrefois la plus commune du sud du Québec. Le Service canadien de la faune affirme par ailleurs que la disparition des marais et marécages est une des causes du déclin de plusieurs espèces d'oiseaux.
Les groupes écologistes soulignent par ailleurs que lorsqu'on détruit des milieux humides, on doit les remplacer par de coûteuses installations d'égout et des bassins de rétention artificiels.