L'organisation humanitaire turque de tendance islamiste IHH a joué un rôle clé dans l'organisation de la flottille pro-palestinienne, ayant même acquis spécifiquement un ferry et un cargo pour l'expédition de Gaza.

Cette ONG dirigée par Bülent Yildirim jouit d'un certain soutien politique en Turquie, mais elle est interdite de toute activité sur le sol israélien. Elle a pour but de mener des opérations dans des régions sinistrées pour sauver des vies et empêcher les violations des droits de l'homme.

L'organisation opère dans les pays arabes et musulmans comme l'Irak, la Palestine, la Bosnie, l'Afhganistan, la Jordanie, le Liban, le Pakistan, le Soudan et la Somalie.

L'IHH («Insani yardim vakfi», ou «Fondation d'assistance humanitaire»), a déjà été impliquée dans l'envoi d'aide à l'administration du Hamas dans la bande de Gaza, victime du blocus israélien.

Le 9 décembre 2009, un convoi d'aide est parti d'Europe pour Gaza par voie terrestre via la Turquie. IHH a fait un don d'environ 80 véhicules au convoi pour transporter l'aide via la Syrie, la Jordanie et l'Égypte.

L'IHH a décidé de collaborer avec plusieurs organisations pro-palestiniennes européennes et des militants pro-palestiniens de divers pays pour expédier la flottille vers Gaza, et a obtenu le soutien de la presse islamiste et pro-gouvernementale turque.

En présentant à Istanbul, siège de l'organisation, les buts de la flottille et de la campagne, M. Yildirim avait expliqué que son organisation avait acquis grâce à des dons un ferry battant pavillon turc, le Mavi Marmara - sur lequel ont fait irruption les commandos israéliens lundi à l'aube -, et un cargo.

Son représentant en Cisjordanie, Izzet Sahin, a été expulsé vers Istanbul, le 17 mai, après avoir été détenu durant trois semaines.

L'IHH finance des projets de reconstruction à Gaza.

En un an, l'IHH aurait dépensé des dizaines de millions d'euros en faveur de la cause palestinienne. Pendant l'opération israélienne «Plomb durci», la fondation islamiste avait organisé en janvier 2009 une collecte de fonds en Turquie avec l'aide des municipalités dirigées par le parti islamo-conservateur au pouvoir, l'AKP.

La fondation, créée en 1992 pour aider les musulmans bosniaques lors de la guerre de Bosnie, est soupçonnée par plusieurs pays occidentaux et Israël d'entretenir des liens avec des réseaux djihadistes.