2006
Lors d'un discours à Ratisbonne, il évoque le point de vue négatif d'un empereur byzantin sur l'islam, avant de déclarer que c'est une erreur. La citation négative - «Montre-moi donc ce que Mahomet a apporté de nouveau, et tu y trouveras seulement des choses mauvaises et inhumaines» - provoque des émeutes dans les pays musulmans, où des églises sont brûlées et des religieux, attaqués.
2007
Il autorise l'utilisation de la vieille liturgie en latin, dont un passage de la messe du Vendredi saint appelle à la conversion des juifs. Après des protestations, ce passage est enlevé.
2008
À Washington, il se dit «honteux» par rapport aux scandales de prêtres pédophiles et rencontre cinq victimes, en privé. Pendant toute la durée de son pontificat, sa feuille de route comme archevêque de Munich puis comme préfet de la Congrégation pour la doctrine de la foi a été disséquée, ce qui a montré plusieurs cas où ses réactions ont été lentes.
2009
Il annule l'excommunication de quatre évêques «traditionalistes» de l'Église schismatique lefebvriste, qui refusent les changements apportés par Vatican II. Des médias rapportent que l'un des quatre évêques, Richard Williamson, nie l'existence des chambres à gaz et l'extermination des Juifs pendant le troisième Reich. Par la suite, Benoît XVI s'excuse à ses évêques de ne pas avoir fait cette vérification.
2009
À bord de l'avion qui l'amène en Afrique, il dit aux journalistes que les préservatifs aggravent le problème du sida parce qu'ils encouragent la promiscuité. Un tollé s'ensuit. L'année suivante, dans un livre d'entretiens avec un journaliste allemand, il avance que l'utilisation d'un préservatif par les prostitués séropositifs est légitime.