La résistance aux antimicrobiens en hausse au Canada

La résistance aux antimicrobiens - ou l'émergence de micro-organismes qui résistent aux médicaments utilisés pour les traiter - est en hausse au Canada et dans le monde depuis des décennies.

L'utilisation généralisée des antibiotiques chez les humains et les animaux, associée à la contamination de l'environnement, a contribué à créer des superbactéries et à rendre les maladies courantes plus difficiles à traiter. On estime que 700 000 personnes dans le monde meurent chaque année d'infections bactériennes pharmacorésistantes, de VIH/sida, de tuberculose et de paludisme.

À moins que des mesures urgentes ne soient prises, les experts préviennent que d'ici 2050, le nombre annuel de décès atteindra 10 millions dans le monde - éclipsant le cancer - et que la résistance aux médicaments pourrait coûter 1000 milliards $ à l'économie mondiale. Les pays en développement connaîtront les pires effets, mais des pays comme le Canada ne sont pas à l'abri: les voyages et le commerce internationaux généralisés aident les bactéries à traverser les frontières.

Les médecins spécialistes des maladies infectieuses ont sonné l'alarme au sujet de la résistance aux antimicrobiens il y a 20 ans, mais le gouvernement fédéral, les provinces et les territoires continuent de débattre de la meilleure réponse à apporter au problème. Les fonds consacrés à la recherche sont rares, la surveillance est très limitée et le nombre de Canadiens qui meurent de la pharmacorésistance est inconnu.

La résistance aux antimicrobiens se produit parce que les micro-organismes, y compris les bactéries, les virus et les champignons, évoluent pour résister aux médicaments qui les tueraient autrement. L'utilisation inutile d'antimicrobiens exacerbe le problème.

Les antibiotiques tuent les bactéries sensibles au médicament mais aussi les «bonnes» bactéries, laissant les cellules résistantes aux médicaments se multiplier et prendre le dessus sur les autres. Certaines bactéries peuvent également muter pour devenir résistantes et transférer leur résistance les unes aux autres.

La résistance aux médicaments était une préoccupation croissante en 1997 lorsque le docteur John Conly, alors président de la Société canadienne des maladies infectieuses, a décidé d'agir. Il a travaillé avec Santé Canada à l'organisation d'une conférence à Montréal qui a généré 27 recommandations et les débuts d'un comité national pour coordonner une réponse au phénomène.

Depuis 2004

Le gouvernement de l'ancien premier ministre Jean Chrétien a accordé 300 000 $ annuellement au Comité canadien de la résistance aux antibiotiques. Ce dernier a publié en 2004 un projet de plan national qui recommandait des mesures pour améliorer la surveillance et réduire l'utilisation inutile d'antibiotiques.

«Et puis, on a mis ça sur une tablette, se souvient le docteur Conly, ancien président du comité. Le gouvernement fédéral à l'époque (...) a semblé perdre tout intérêt. Il y a eu beaucoup de réduction des effectifs.»

Le comité a perdu son financement en 2008. Son rapport final suggérait qu'il n'avait jamais reçu suffisamment de financement ou de personnel pour coordonner les activités de lutte contre la résistance aux médicaments à l'échelle nationale, et il a réclamé une approche plus globale.

L'Agence de la santé publique du Canada a pris les commandes de la lutte contre la résistance aux antimicrobiens. Mais en 2015, le vérificateur général fédéral a conclu que l'agence et Santé Canada ne s'étaient pas acquittés de leurs principales responsabilités d'atténuer les risques pour la santé publique que représente ce problème.

L'agence a discuté avec les provinces et les territoires pendant cinq ans, mais elle n'a pas réussi à s'entendre sur la portée d'un plan, a conclu le vérificateur général.

«On a négligé le dossier pendant trop d'années, selon le docteur Conly. Il est trop facile de dire: »Eh bien, il y avait d'autres choses pressantes et d'autres feux à éteindre.« Mais on ne doit pas s'occuper seulement de la crise du jour.»

Il compare la résistance aux antimicrobiens aux changements climatiques: «Un tsunami qui se déplace lentement.»

Même si la vie des patients se détériore rapidement, l'approche du gouvernement fédéral en matière de pharmacorésistance au cours de la dernière décennie s'est quelque peu apparentée à une odyssée bureaucratique.

Le gouvernement a élaboré un cadre fédéral en 2014. L'année suivante, il a publié un plan d'action fédéral prévoyant l'affectation de 20 millions $ à un projet de recherche et la création d'un nouvel organisme chargé d'intégrer la surveillance existante.

Mais le plan était limité au gouvernement fédéral et un plan définissant les responsabilités pour les provinces et les territoires n'a pas été produit. Le gouvernement fédéral mène des consultations depuis 2011, mais n'a publié son cadre qu'en septembre dernier. Il espère publier le plan l'année prochaine.

Le cadre, qui décrit les ambitions générales en matière de surveillance, d'intendance, d'innovation et de contrôle des infections, constitue une étape importante, affirme le docteur Howard Njoo, sous-administrateur en chef de la santé publique du Canada.

Il peut comprendre pourquoi certains médecins ont été frustrés par le rythme des changements, mais insiste sur le fait qu'il y a eu du mouvement au fil des ans.

«Il est difficile, peut-être, d'apprécier de l'extérieur tout le travail accompli au cours des années précédentes», dit-il.

Mais le docteur Andrew Morris, qui dirige le programme de gestion des antimicrobiens du réseau de santé Sinai Health System/University Health Network, résume le rythme de la réponse gouvernementale à la résistance antimicrobienne par un autre mot: glacial.

Une partie du problème, croit-il, est que le gouvernement n'a pas dépensé assez d'argent dans ces efforts.

L'Agence de la santé publique a consacré 6,9 millions $ aux programmes liés à la résistance aux antimicrobiens en 2016-2017, soit environ 1,2 pour cent de son budget de 589 millions $. L'Institut canadien de recherche en santé n'a consacré que 280 millions $ à cette question en 17 ans - un peu plus que les dépenses annuelles en cancer et en oncologie.

Manque de données

Pendant ce temps, le gouvernement fédéral n'a aucune idée du nombre de Canadiens qui meurent d'infections pharmacorésistantes dans les hôpitaux et les statistiques ne sont pas facilement accessibles.

Le système national de surveillance recense les décès dans 60 grands hôpitaux liés à quatre types de superbactéries, pour lesquels il fournit des taux de mortalité de 3 à 40 pour cent. Les médecins peuvent attribuer la mort d'un patient à la maladie sous-jacente plutôt qu'à l'infection, ce qui pourrait masquer l'impact de la pharmacorésistance au Canada.

L'Institut canadien d'information sur la santé a déclaré à La Presse canadienne qu'il en coûterait plus de 12 000 $ et deux semaines de temps au personnel pour quantifier le nombre de certificats de décès qui énumèrent de telles infections, avant de finalement dire qu'il est impossible de le faire. Statistique Canada a avancé un coût d'environ 25 000 $ et un échéancier de près de trois mois. L'agence travaille sur une version réduite de la demande, mais ne sera pas en mesure de fournir des données avant la mi-juillet.

Les nouveau-nés, les patients immunodéprimés et les personnes âgées sont particulièrement sensibles aux infections pharmacorésistantes. Les patients atteints de fibrose kystique sont ainsi sujets à des infections pulmonaires chroniques, qui sont souvent traitées avec des antibiotiques. Au fil du temps, les bactéries dans les poumons peuvent devenir résistantes.

Le Canada a deux programmes de surveillance en place. L'un recueille des données auprès des hôpitaux, tandis que l'autre recueille des informations sur l'utilisation des antimicrobiens chez les animaux provenant d'élevages de porcs, de poulets et de dindes, ainsi que sur la résistance le long de la chaîne alimentaire.

Les données des deux programmes - ainsi que certaines informations provenant de laboratoires provinciaux et d'autres sources - alimentent les rapports annuels publiés par le Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens. Le système achète également des données d'une entreprise appelée IQVIA sur les ordonnances rédigées par des médecins et honorées par les pharmacies, ainsi que sur les antimicrobiens achetés par les hôpitaux.

Le docteur Morris qualifie le système de surveillance de «paquet de conneries bien intentionnées».

«Imaginez, notre gouvernement fédéral, concernant quelque chose d'aussi important que les soins de santé, paie une entreprise privée pour comprendre comment les antibiotiques sont utilisés dans tout le pays, rappelle-t-il. Je ne crois pas à ces données (IQVIA). Je pense que c'est une erreur énorme pour les antibiotiques. Personne ne les a jamais validées.»

Une porte-parole d'IQVIA, Madeline Gareau, affirme que les clients obtiennent un accès complet aux données qu'ils achètent, ainsi qu'un aperçu de la façon dont elles sont compilées, s'ils le souhaitent. Il est trompeur de dire que le gouvernement canadien ne peut pas valider les données, poursuit-elle, ajoutant qu'IQVIA n'effectue aucun travail d'interprétation pour le système de surveillance et ne peut donc commenter les conclusions de ses rapports.

L'Agence de la santé publique du Canada soutient que, même s'il est vrai que les données ne peuvent être vérifiées officiellement, une vérification indépendante a lieu.

«Nous explorons certainement d'autres sources de données, mais nous essayons actuellement d'en tirer le meilleur parti», explique le docteur Chris Archibald, directeur de la surveillance et de l'épidémiologie à l'agence.

Il reconnaît qu'il existe des lacunes dans le système de surveillance, notamment parce qu'il ne mesure pas adéquatement la résistance dans la collectivité ou dans les petits hôpitaux ruraux et du Grand Nord. L'agence cherche à étendre sa couverture et a mené des études à court terme sur de telles installations.

Du côté des animaux

Le programme qui surveille l'utilisation des antimicrobiens chez les animaux manque également de données, y compris un manque de surveillance de l'utilisation chez les bovins de boucherie.

Mais des consultations sont prévues pour commencer à collecter de telles informations, explique la docteure Rebecca Irwin, l'épidémiologiste vétérinaire qui supervise le programme.

«Nous reconnaissons que c'est une lacune, nous aimerions que (tous les animaux) soient représentés.»

Les provinces ont aussi des systèmes de surveillance, mais leurs méthodes sont si variables que les statistiques ne peuvent être agrégées. Par exemple, la Colombie-Britannique et l'Ontario recueillent des données sur plusieurs superbactéries, tandis que la Saskatchewan ne surveille que la bactérie C. difficile.

Une souche d'E. Coli contenant de la métallo-bêta-lactamase de New Delhi (NDM), une enzyme résistante aux antibiotiques essentiels appelés carbapénèmes, est particulièrement inquiétante. L'enzyme a été détectée en 2008 chez un patient suédois qui avait reçu un traitement dans un hôpital indien. En deux ans, NDM a atteint les côtes nord-américaines.

La docteure Linda Hoang, microbiologiste médicale au Centre de contrôle des maladies de la Colombie-Britannique, a été si alarmée par l'apparition de NDM et d'autres organismes résistants aux carbapénèmes qu'elle a réclamé publiquement un système de surveillance provincial en 2014.

«Nous assistons à l'émergence d'un organisme hautement résistant qui pourrait potentiellement submerger notre système de santé et rendre le traitement des patients très difficile, prévient-elle. Si nous ne savons pas vraiment quel est le fardeau de la maladie, nous ne pouvons pas y répondre.»

Après l'appel de la docteure Hoang, le Colombie-Britannique a lancé un réseau provincial pour mesurer plusieurs superbactéries, y compris celles qui sont résistantes aux carbapénèmes, dans les 80 hôpitaux de soins de courte durée. La docteure Hoang est maintenant codirectrice médicale du réseau.

Le dernier rapport montre 86 nouveaux cas d'organismes producteurs de carbapénème (OPC) en 2016-17, dont 59 cas de NDM. Près de sept patients sur dix ayant des OPC avaient reçu des soins de santé à l'extérieur du Canada l'année précédente. Parmi les cas restants, environ la moitié ont probablement été acquis dans les hôpitaux de la Colombie-Britannique, tandis que l'autre moitié est un mystère, soit en émergence dans la communauté ou par un mécanisme non identifié, explique la docteure Hoang.

Elle est encouragée par le fait que la plupart de ces cas sont liés au voyage parce que c'est ainsi que les organismes atteignent le monde occidental en premier lieu; cela permet aussi de croire qu'il n'y a pas de transmission répandue en Colombie-Britannique. Néanmoins, elle réclame un effort mondial pour soutenir les pays où la résistance aux médicaments est plus répandue.

«Ce n'est pas seulement en Asie du Sud ou en Asie du Sud-Est où nous voyons de la résistance: l'Amérique du Sud, l'Amérique centrale, l'Europe et les États-Unis, c'est partout, dit-elle. Nous ne pouvons pas faire grand-chose pour fermer notre porte, nous devons soutenir (...) les pays touchés pour minimiser leur nombre et leurs risques.»

Le gouvernement canadien a versé 9 millions $ l'an dernier à l'Organisation mondiale de la santé pour un projet de lutte contre la résistance aux antimicrobiens dans les pays en développement. Il contribue également aux organisations internationales de financement dans les pays en proie à la résistance, notamment en Inde et en Afrique du Sud.