Si la crypte était l'un des endroits les plus visités de la maison mère, cela s'explique par les nombreux personnages historiques qui y sont enterrés. En plus de 232 Soeurs grises, la crypte est le lieu de repos de François d'Youville, fils de Marguerite d'Youville, de deux soeurs et trois nièces de mère d'Youville et de quelques-uns des bienfaiteurs de ses oeuvres.
La crypte représentait toutefois un point complexe du déménagement pour une raison tout autre: trois des personnes qui y sont enterrées étant mortes de la variole, le transfert des restes est impossible avant plusieurs siècles.
«Une équipe de la Santé publique a convenu, avec l'Université et les Soeurs grises, que des mesures techniques et juridiques devaient être prises pour assurer la sécurité des lieux, explique Gabriel Collard. Nos partenaires de Concordia craignaient également que des étudiants aient accès au lieu en période d'initiation.»
Des experts ont été mis à contribution et plusieurs scénarios ont été envisagés - certains relevant pratiquement de la science-fiction -, mais on a finalement décidé de couler une dalle de béton sur les tombes afin de sécuriser les lieux. Les soeurs sont demeurées propriétaires de cette section de la maison et ont créé une fiducie permettant d'assurer à long terme l'entretien de l'espace. Des mesures de surveillance ont aussi été établies.
M. Collard estime que ce dossier complexe témoigne de la qualité de la collaboration avec l'Université Concordia. «Tout au long du processus de transfert de propriété, la collaboration a été facile avec l'Université, qui a toujours reconnu l'importance de conserver le patrimoine historique de ce bâtiment.»
À terme, le département des arts de l'Université occupera la plus grande partie du bâtiment. La chapelle de l'Invention-de-la-Sainte-Croix, classée monument historiqueen 1974, deviendra un amphithéâtre.